Segundo a doutrina da integração regional, que se desenvolve com a disseminação e o aprofundamento dos blocos econômicos, o MERCOSUL recebe a classificação de união aduaneira imperfeita. Tal classificação justifica-se porque
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A há expressa previsão legal a esse respeito, conforme definido no preâmbulo do Código Aduaneiro do MERCOSUL.
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B há um regime de exceções tributárias decorrente das assimetrias internas que impede a aplicação de um único imposto aduaneiro, comum a todos os países-membros do bloco regional.
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C essa união aduaneira não dispõe de personalidade jurídica internacional, sendo reconhecida apenas no MERCOSUL como um todo, conforme previsto no Protocolo de Ouro Preto.
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D não existe, no MERCOSUL, livre circulação de trabalhadores, com direito de estabelecimento, como ocorre na União Européia.
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E sua tarifa externa comum (TEC) é ainda muito elevada e incompatível com os padrões internacionais de liberalização comercial.